當進水濁度高時，污染物會迅速的在膜表面堆積，引起產水量降低、壓差增加等問題，情況嚴重時，過高的壓力還會損壞管道，甚至產生安全隱患，所以必須在膜系統之前必須使用石英砂過濾器降低進水的濁度。為了去除進水中較小的顆粒和達到較好的過濾效果，可選擇在石英砂過濾器進水中投加絮凝劑，原水與絮凝劑混合后，水中的細小雜質顆粒會在絮凝劑的作用下凝結成礬花，從而被石英砂過濾器的過濾層截留去除。進入膜單元之前的處理一般都習慣性的稱之為預處理

一般天然水體或自來水中都或多或少的存在活性余氯，氯是強氧化劑，會造成陽離子交換樹脂的氧化分解和反滲透膜的降解，當水中活性余氯含量超過1mg/L時，會導致反滲透膜的性能惡化。在預處理中，一定要防止余氯進入后續的處理階段，以免造成損失。理論上，活性炭能100%的吸附水中的余氯，所以在石英砂過濾器后應該設置活性炭過濾器吸附水中的活性余氯。

在膜的使用過程中，膜表面結垢的現象一直存在，特別是進水硬度高時，結垢更為明顯。壓力式一體化凈水器故進膜系統之前，需要對水進行軟化處理，降低水的硬度。水的軟化常用的是藥劑軟化和離子交換兩種，藥劑軟化對加藥量控制較難，反應后的水垢也不容易清理，故選擇在活性炭過濾器后設置鈉離子交換器。除了軟化處理，還可以選擇在反滲透進水中添加阻垢劑以提高進水的極限碳酸鹽硬度，使碳酸鹽晶體畸變，從而達到阻垢的目的。

活性炭和樹脂在使用中，難免會破碎，為避免這些破碎雜質進入膜系統造成不好的影響，應在膜系統之前設置精密過濾器。保安過濾器需定期檢查，避免微生物大量繁殖，對膜系統造成微生物污染。

有的地下水含有二價的鐵離子（Fe2+），這種鐵離子被陽離子交換樹脂吸附后，再生時不會完全被交換出來，對樹脂造成污染。進水中二價鐵離子被氧化后，會形成氫氧化鐵[ Fe（OH）3 ] 膠體，這種膠體會聚集在樹脂表面，堵塞樹脂微孔，進入膜系統后，同樣會造成膜的污染。在原水鐵離子含量過高的時，為了防止鐵離子對樹脂和膜的污染，在水處理設備的預處理階段應增加錳砂過濾器以去除鐵離子。原水經曝氣后進入錳砂過濾器，錳砂中的二氧化錳為催化劑，會迅速使進水中Fe2+變為Fe3+并生成 Fe(OH)3沉淀，從而達到除鐵的目的。